Deberias empezar a sospechar del hdd, con el hdd mal puede haber cuelgues del sistema operativo y cualquier tipo de error raro
Busca otro hdd... instalalo de forma temporal para hacer unos tests... instala programas en el, copia juegos grandes en el, reproduce video desde el, etc... haz que se esfuerze porque esto es una prueba de esfuerzo
Si todo funciona bien ya sabes donde esta el problema (en el otro hdd)