Tienes que eliminar la partición del HDD, y dejalo sin partición antes de intalarlo.
Una vez hecho, preparas un cd o pen drive, y creas estas carpetas, */:PS3/UPDATE una vez creadas dentro de la carpeta update pegas el "PS3UPDAT.PUP"
Una vez hecho, instala ya le HDD dentro de la consola, la arrancas, pon el disco/USB, te pedirá que para recuperar el sistema pulsa start y select, te saldrá un mensaje que necesita formatear, pulsa start y select durante 5 segundos, una vez hecho ya comenzará a formatear y sigues ya el proceso.
Un saludo