A mi estos juegos me gustan bastante mas en 2d. Lo que no te puedo responder es a una pregunta tan general como esa.
Personalmente organizaría el mapa con un array 2d de clases "Casilla". Cada instancia contendría la información de cada casilla como puede ser las paredes que tiene, el tipo de pared, los objetos del escenario o los interruptores. La clase encargada de controlar el escenario podría ser singleton para que puedas acceder a la información del escenario desde cualquier sitio, desde la clase encargada de gestionar los objetos "coleccionables" hasta en las funciones de IA de cada enemigo.
A la hora de dibujar miraría las 2 o 3 casillas por delante del jugador y dibujaría las paredes y objetos correspondientes con simples sprites encima de un fondo que solamente sea el suelo sin parede
Espero haberte dado alguna idea aunque todo lo acabo de pensar aquí mismo de manera rápida y sin ningún tipo de orden así que es muy posible que no sea la manera idónea de hacerlo. Todo es sentarse delante de un cuaderno en blanco y no levantarse hasta tener un diagrama de flujo, una jerarquía de clases y una idea mas o menos general de como funcionara todo.
