¿Como quieres tratar el fichero .cfg?
Puedes hacerlo en texto, y poner codigos para las teclas.
Por ejemplo: 1234
Que serian los codigos para triangulo, cuadrado, circulo y R, por ejemplo.
Deberás cargar al principio del programa el fichero, abriendolo con sceIoOpen y leyendo los caracteres con sceIoRead. La configuración la puedes poner en un array, y el numero de teclas de la combinación en un int llamemose "n".
Durante el bucle principal debes leer la configuración del pad y compararla con la anterior para saber que tecla se ha pulsado (quizás puedas poner un callback para cuando se presione una tecla, q te pase el valor de esta).
Con una variable "x" vas contando si el codigo pulsado se corresponde con el caracter "x" del array, si es asi incrementas x, si es al contrario lo pones a cero. Cuando "x" llegue a ser igual (pon >= por seguridad si quieres en el if) que "n" (el numero de teclas d la combinación) la combinación será la correcta, asi que ya puedes ejecutar tu codigo (si el programa continua, recuerda volver a poner a 0 "x").
Espero ser de ayuda, un saludo.