Claro que cargará..... .
Cuando da problemas, es cuando ya has jugado con dicho eboot y has guardado, és entonces cuando se crea el registro de ID, pero si antes de pasarlo a la memory(mas bien antes de guardar) lo modificas con un editor hexadecimal, lo unico que estas haciendo es cambiar la ruta y nombres de un directotrio save que aun no ha sido utilizado, por lo tanto no tiene porque dar error... .
De echo es lo que estamos haciendo con todos los juegos. Lo que no se puede es lo que se plantea aqui, es decir, si ya se ha guardado con una ID, cambiarla y pretender que funcione.