A ver...no sé si te aclararé mucho, pero te explico:
Yo tenía una imagen del emulador para PS2 de la SNES ( no recuerdo el nombre ) , y se trataba de el emulador con varias roms, entre ellas todos los juegos de Zelda.
Pues bien, al extraer la imagen, aparecían todos los ficheros del emulador, así como una carpeta que podría llamarse, por ejemplo, "roms".
Esa carpeta contendría todas las roms, y el emulador estaría programado de modo que al cargarlo en PS2, buscaría las roms en esa carpeta, y no en otra. Al meterlo en HD no encontraba el directorio, con lo que no funcionaba tal cual y había que crear particiones y demás historias, pero en disco si que funcionaba, y podías meter más roms en esa carpeta ( que yo he llamado roms, pero no tiene por qué llamarse así )y de esta forma el emulador las cogía también.
De nuevo espero haber aclarado algo y no haber liado más la pájara.