Pues en principio tal disco no deberia afectar al rendimiento del sistema operativo en general, ya que no se encuentra instalado en dicho HDD. Otro caso seria que al intentar acceder a archivos de ese mismo se ralentice el ordenador, eso puede llegar a pasar si el disco es extremadamente lento, vamos, a mi me ha pasado con el mio alguna que otra vez.
Si tu caso es ese, que al acceder a archivos que se encuentran en ese disco se te cuelga por un momento, yo no me preocuparia. Si ya es en cualquier momento por la cara, me extrañaria ya mas, desde luego del otro HDD no me cuadraria.
Pasale CrystalDiskInfo al ordenador y pon una captura.