La empresa puede cambiar lo que se te retiente, sí.
En principio, la empresa calcula el IRPF que te tiene que retener para que en la próxima declaración te salga 0. Que no te toque ni pagar ni devolver, 0.
Pero como te dicen, lo mínimo es un 2% y además sólo aplicable a contrarios no indefinidos (temporales, becarios asalariados, etc).
Lo mejor que puedes hacer es preguntar al responsable de Recursos Humanos de la empresa donde trabajas y que te explique, o que lo corrija si ha sido un error, porque si no el año que viene igual llega Hacienda y te cruje.