Por lo que he leído por ahí, puedes cambiar la carpeta que usa RetroArch para almacenar los saves. Así que en vez de usar la carpeta por defecto de RetroArch, le configuras una con soporte de nube (Google Drive, OneDrive, Dropbox, etc.) y ya tienes el backup de tus saves con disponibilidad en varios equipos. Así te ahorras el mover los saves de una carpeta a otra, que al final si te olvidas de hacerlo, pues estaríamos en las mismas.