Exacto, la cantidad de datos transmitida es el ancho de banda x la velocidad a la que circulan. Si la frecuencia del bus de 32Bit es menos de la mitad de la de 16 bits, la velocidad efectiva es mayor en la de 16 bits.
Otra posibilidad son las latencias (recuerdo en la BIOS "PCI Clock Time: 32 CPU Clocks").
Otra respuesta, pero supongo que no será esta es, qué cantidad de información?? Porque si envías 1Byte o 2 son igual de rápidos.