1- los 2 programas con wine,son .exe de windows
GenPS3iso_v2.4 es un GUI y es más simple de utilizar,por el contrario PC_ps3iso_utilities tienes que escribir la ruta por ms2 y tiene la opción de descomprimir la .iso (de .iso a JB carpeta)
2-la iso la crea en un solo archivo,GenPS3iso_v2.4 te dá la opción de splitear o no,si vas a utilizar NTFS o interno,le das que no y listo,te he citado GNOME Split (linux) por si tienes un juego spliteado en JB (carpeta),si es el caso,para unir los archivos y luego pasarlo a un solo archivo .iso con GenPS3iso_v2.4.
PD los programas nativos de linux para pasar a .iso,te daran error a la hora de ejecutar el juego,utiliza wine + GenPS3iso_v2.4,es lo que yo hago desde ubuntu y no he tenido ningún problema.