Puedes eliminar las particiones perfectamente. Lo único, como es lógico, que si lo haces borrarás los datos que tengas en ellas. Aparte de ello, no deberías tener ningún problema en borrarlas desde el administrador de discos de windows...
Si no te deja desde el administrador de discos por el motivo que sea (particiones de sistema y/o ocultas de recuperación, etc.) puedes hacerlo con el comando diskpart. para ello haces lo siguiente...
1- Pinchas con el botón derecho del ratón sobre el icono de windows en la barra de tareas, y le das a "Símbolo de sistema (administrador)". CUando te salga el aviso control de cuentas d eusuario le das a aceptar y listos...
2- En la ventana de comandos escribes 'diskpart' (sin las comillas), y le das a enter. A continuación escribes 'list disk' y te aparecerá una lista con los discos duros conectados a tu equipo. Algo tal que así...
Microsoft Windows [Versión 10.0.17134.285]
(c) 2018 Microsoft Corporation. Todos los derechos reservados.
C:\WINDOWS\system32>diskpart
Microsoft DiskPart versión 10.0.17134.1
Copyright (C) Microsoft Corporation.
En el equipo: DESKTOP-CH1B3R0
DISKPART> list disk
Núm Disco Estado Tamaño Disp Din Gpt
---------- ---------- ------- ------- --- ---
Disco 0 En línea 2794 GB 0 B *
Disco 1 En línea 2794 GB 0 B *
Disco 2 En línea 238 GB 1024 KB
Disco 3 En línea 223 GB 1024 KB
DISKPART>
3- TIenes que buscar el disco que quieres borrar, y te fijas en el número de disco que tiene asignado. En mi caso, por ejemplo, voy a borrar el disco 3. Escribes entonces 'select disk n', donde 'n' es el número de disco tuyo, y en el mío sería 'select disk 3'
DISKPART> list disk
Núm Disco Estado Tamaño Disp Din Gpt
---------- ---------- ------- ------- --- ---
Disco 0 En línea 2794 GB 0 B *
Disco 1 En línea 2794 GB 0 B *
Disco 2 En línea 238 GB 1024 KB
Disco 3 En línea 223 GB 1024 KB
DISKPART> select disk 3
El disco 3 es ahora el disco seleccionado.
4- Ahora simplemente escribes 'clean' y le das a enter, y con este comando inicializarás las tablas de particiones dle disco, haciendo que aparezca como un disco vacío. Después de esto cierras la ventana de comandos, te vas al administrador de discos y creas la particion ó particiones que quieras a tu gusto...
DISKPART> clean
DiskPart ha limpiado el disco satisfactoriamente.
DISKPART>
...Y con esto deberías haber borrado todas las particiones dle disco y lo tendrías de vuelta al estado original de fábrica...