Yo lo llevo probando desde que se habló de él en foros (en gbatemp hay un hilo hablando de él) y si, se nota bastante la diferencia. Lo noto sobretodo con Zelda TP que se veia como un manchurrón del copón y ahora parece otro sin el filtro.
El muramasa no me suena de nada que lleve alguna opcion para esto, además escuché que juegos en vista 2D no se percibe mucho. El Smash Bros Brawl si lleva una opción para apagarlo creo recordar. Pikmin 2 creo que también. Hay algunos que te dan la opción de apagarlo pero el 90% lo llevan activado nativamente. Incluso el propio menú de Wii.
Creo que Nintendo lo hizo a conciencia. En esa época los televisores CRT aun se usaban y estos tenian problemas de imagen como parpadeo continuo y lo que hace este filtro es evitar el parpadeo. Los plasmas no tienen este problema pero en los de tubo sí por eso creo que Nintendo lo tuvo en mente aunque tal vez no de la mejor forma que digamos.