Otra cosa que te puede ocurrir es que estés usando un cable paralelo LAPLINK en vez de uno normal. Se diferencian en el precio (el LAPLINK es más caro) y en que los cables en el LAPLINK están internamente cruzados, de una manera similar a como pasa en los cables de red cruzados.
A mí me pasó al conectar un programador por el puerto paralelo con un LAPLINK y luego, claro, no iba.
Acuérdate también de poner en la BIOS el puerto paralelo en modo ECP/EPP .