Madre mía, lo que hay que leer.
Primero de todo, la pregunta debería ser: el puntero de ratón que ves, es el de windows o el propio del juego en cuestión?
Lo que normalmente hacen los juegos es ocultar el de windows para pasar a mostrar un puntero personalizado con coordenadas relativas a la configuración del juego en si mismo. Por lo que dices, lo primero en lo que pienso es que sigues viendo el puntero de windows.
La recomendación más directa es simple: actualiza drivers de la gráfica e instala la última versión disponible de directx. Descarta que sea problema de utilizar una versión del SO de 64bit, los juego actuales no solo lo soportan sino que suelen funcionar mejor como cualquier aplicación diseñada para ello.
Otra idea que se me pasa por la cabeza es que por algún motivo, haya algún problema de captura de foco. Cambia con ALT + Tab a otra aplicación y de nuevo vuelve al juego a ver si te sigue pasando. Si tras todo esto sigues con problemas, deberías plantearte revisar tema antivirus que iteraccionan mal o que tengas la instalación del sistema operativo pidiendo a gritos un formateo.
Un saludo.