No fiarse de los cortos,medidos con polimetro ya que en el funcionamiento normal de la controladora, puede haber momentos que patillas den continuidad con otras incluso habiendo desconectado la consola.Hay que fijarse bien si en el Polimetro te da resistencia "0", si no es asi, es posible que no sea un corto y si la resistencia va aumentando poco a poco, es signo de una continuidad debida al normal funcionamiento de la controladora.
Comentas que lo has mirado bien , hasta con lupa, mira la resistencia que tienes entre la patillas, sospecho que no te saldrá 0 ohm.