vamos por partes:
1- la controladora funciona?;para saberlo,primero instala un CFW 3.55 no check o 4.XX noBD,conecta el lector y ejecuta homebrew/apps,si funcionan y no te dan pantallazo negro,es que la controladora está bien y podras instalar cualquier CFW 4.XX Cobra o normal,luego podras habilitar las qa flags desde CFW 4.6X Cobra con habib toolbox.
2- en el caso de que la controladora de ese lector este rota,tendras que recasar el lector con remarry
viewtopic.php?p=1728309342 ,luego instala las qa flags y el CFW de interes.
3- que tienes un lector y pasas de recasarlo,conectalo,instala el 4.31 MLT,habilita las qa flags mediante la flag enableqa y luego instala el CFW 4.46 MLT Cobra con su SM y flag installbdemu,a partir de aquí yme quedaría en 4.46 MLT Cobra,pero puedes probar instalar dede éste un 4.66 Cobra (darknet/habib),si no funcionan bien,podras regresar a 4.46 MLT Cobra desde recovery ya que habilitaste las qa flags en 4.31 MLT.
toda la información sobre los CFWs citados la tienes en sus hilos correspondientes.