En principio, la diferencia a nivel interno más relevante sería el procesador que incluye la GP2X, que es superior al de la GP32.
Además, una cosa que deberías tener en cuenta ahora mismo es el medio de almacenamiento de los juegos. En la GP32 se utilizan tarjetas de memoria SMC, difíciles de conseguir, a precios altos y solo soporta hasta 128MB. La GP2X permite SD, fáciles de conseguir, precios normales, soporte de hasta 2GB (creo).
En cuanto a la pantalla, pues se supone que se ve mejor la GP2X, pero me gusta como se ven las dos.
Por último, la GP2X permite más opciones, como salida a televisión, y te permitirá jugar a más roms de emuladores de forma más fluida.
No se... espero haberte ayudado algo
Un saludo.