Borrarlos desde el menú deja el ticket para que puedas volver a meter el canal desde una SD. ¿Problemas de esto? Pues no se sabe, pero por si acaso mejor no dejar tickets trucheados sin uso en la memoria, por eso es recomendable borrar con el WADManager.
Lógicamente, no borres tus juegos de la VC o WiiWare con el WADManager, ya que perderás el dinero que pagaste por ellos.