Una onomatopeya imita un sonido real (imita al libre albedrío del escritor, porque es muy subjetivo, aunque culturalmente cada idioma tenga asumidas las suyas) como por ejemplo un "pum" o un "bom" o cosas así. No son palabras en si mismas, sólo imitaciones de sonidos.
Por su parte, las interjecciones denotan alguna sensación repentina, como por ejemplo "joder", o "caramba". Las hay más vulgares y más eufemísticas, pero al final todas tienen el mismo fin, que es expresar un sentimiento súbito. Algunas parecen onomatopeyas como "oh" o "ah", pero son palabras reales, mientras que las onomatopeyas no lo son.
PD: En este caso "pum" es una interjección tambien, pero se puede usar como onomatopeya.
PPD: En el diccionario de la RAE da un buen ejemplo de como las onomatopeyas también se utilizan patra describir fenónemos visuales como un "tic" o un "zigzag", que es la forma hablada o escrita que tenemos de describir eso.
