mete los roms ahi mismo en la carpeta del emu en una carpeta llamada roms o como quieras para no mezclarlos con los demas archivos, si no existe creala tu manualmente, la idea es navegar hasta ellos (los roms) y se guardara la ubicacion automaticamente, asi cuando vuelvas a cargar el emu ya te apareceran directamente.
la mayoria o los metes en la carpeta roms o rom que venga por defecto o navegas hasta ellos desde donde te ubique uno la 1º vez.