No estoy seguro si todos, pero ahora mismo no recuerdo ninguno que no permita cargar roms desde USB o HDD.
Algunos te dejan explorar las unidades disponibles y solo debes ir a la unidad externa, otros como el genplus, en el menu opciones tiene la posibilidad de indicarle desde donde debe leer las roms: SD, USB o DVD.
Hay otros como el MAME, que creo que hay que meter tanto el emualdor como las roms directamente en el disco duro y arrancarlo desde alli, sin embargo, dentro de poco saldrá una nueva version del mame para el Retroarch y este emu/lanzador ya tiene opcion de navegar por la sunidades.