El boot.bin es lo mismo que el eboot.bin pero desencriptado.
Cuando se carga un umd esta limitado a varias cosas, una de ellas por ejemplo es que no puede ejecutar cosas desde la memory stick. Otra es que no puede ejecutar cosas encriptadas (creo recordar), asi que ponen el mismo ejecutable desencriptado.
Se usa para reiniciar el juego por ejemplo.
Saludos!