El check-in es algo así como una confirmación de que vas a coger el vuelo, que se suele hacer a menos de 48 horas de la salida del avión. El procedimiento depende de la compañía con la que vuelen, pero generalmente se puede hacer por internet, con el número de localizador de la reserva de los billetes.
Si no lo haces, tocará pagar la "tasa" correspondiente, por no haber confirmado que si que vas a coger el vuelo.
La realidad es que es una trampa más para sacarle la pasta a los despistaos.