La verdad es que con el WinXP no he probado, pero con el 2000 lo he hecho instalando primero windows y después linux y a la inversa, y me ha ido bien de ambas formas, lo único es que alguna vez windows no me dejaba instalar en el disco duro (partición) que yo quería, porque le daba el venazo de instalarse justo donde tenía el sector arranque, pero una vez se le pasó la tontería, lo pude instalar donde a mí me dió la gana.
PD: Lo que quiero decir con este post es que, si a windows no le da el venazo, lo puedes instalar como quieras.
Un saludo.