Primero, ve el final de la serie. Y justo después, "The end of Evangelion" para quedarte con buen sabor de boca y entenderlo todo un poco mejor.
Y sobre todo, ten en cuenta que no son finales distintos ni finales alternativos como dicen muchos. Es un forma de exponerte los mismos hechos de forma distinta, complementaria, pero necesaria.
Por ejemplo en el final estándar de la serie salen algunas imágenes de cosas concretas que luego ocurren en "The End...". En realidad se puede decir que el final de la serie está encuadrado en pleno "The End...": la película empieza antes y acaba más tarde que el final de la serie, explica más cosas, pero también hay ciertos hechos que sin ver los capítulos 25 y 26 originales no se acaban de entender.