Yo tengo una partición NTFS para intercambio de archivos entre Linux y Windows (antes era FAT32) y lo que noto es que cuando Windows la lee, como que le cuesta, de hecho el explorador se me cerraba de vez en cuando (ahora parece que está estable pero se nota que le cuesta leerla).
Si sólo usas Ubuntu ponle el formato Ext3 que es el más común dentro del mundo Linux y el que muchos instaladores traen por defecto.
Por cierto, el programita para leer las particiones de Linux en Windows funciona muy bien, el único problema que da es que si se va la luz estando en Windows, al volver a entrar no deja acceder a ellas, tienes que entrar en Linux, que las chequee y después perfecto en Windows. Al menos a mí me pasa eso, je, je.
Saludos.
¡Venga Marquesa, tú puedes! Je, je.