Le tienes que dejar claro que ya no eres un polluelo y que cada uno tiene su casa como le parece mejor (faltaría más), que igual que tu no vas a la suya a cambiarle las cosas de sitio, ella no tiene que venir a ordenar tu vida, pues ese papel no ya no le corresponde. Eso no quita para que tengas la amista y el cariño que se le tiene como madre, pero que tiene que tener presente que ya eres independiente y tienes que hacer tu vida a tu manera (y si no quiere ir a tu casa porque se siente incómoda, que no vaya, que ya irás tu a visitarla)
Tienes que tener en cuenta que aunque tengas razón, tu madre tiene una reacción típica de persona que se siente como que es "inútil" si no cuida de sus hijos, que siente un vacío y aunque tu tienes que imponer tu criterio, tampoco puedes manejar el asunto de malas maneras porque no conduce a nada.
Te recomendaría que hablaras con ella y que dieras tú el paso (y si le tienes que pedir perdón por las malas formas, pídeselo) para que vea que no tienes nada contra ella, pero que no puede venir a tu casa a ordenar tu vida de la misma forma que ella nunca admitiría que tu ordenases la suya.
Por cierto, si tu madre tiene tu llave y la usa, cambia de cerradura: yo tengo las llaves de casa de mis padres y mis padres la mía, pero nunca NADIE abre la puerta: se llama al timbre, porque eres una visita.
La copia de la llave está para casos de emergencia, no para que la gente entre como si estuviera en su casa (otra cosa es que sea la llave del portal)