Si en el servidor vas a usar mods fundamentalmente, el óptimo es el minecraft_server oficial.
Si te interesa poder usar los plugins de craftBukkit, y te basta con los mods que hay portados para el (caso de interesarte los mods), entonces usa craftBukkit (de hecho, recomiendo usar la versión de mcportcentral, porque ya está preparada para manejar los mods directamente.
Luego, sobre el tema puertos. Lo esencial, es aprender a abrir puertos, ya sea en el firewall de Windows si usas modem, o en el router si usas uno.
Para el segundo caso, hay que dirigirse a la documentación del router, y averiguar como abrir (redireccionar) los puertos.
Suele estar en el apartado NAT.
Salu2