Yo tengo varios discos en mi equipo, y excepto el SSD que tengo instalado el SO, el resto lo tengo puesto para que se apaguen cuando no tengan uso, y tras varios años, siguen todos en perfectas condiciones.
Con la tecnología actual de los discos, el tema de apagados y reinicios, salvo que sean constantes y durante largos periodos de tiempo, no afectan para nada en el funcionamiento a largo plazo de estos.