Por géneros (en negrita mis favoritos):
Puzles: Antichamber, Braid, The Swapper, The Bridge, QUBE, World of Goo
Plataformas + habilidad: Dustforce, Super Meat Boy, VVVVVV
Aventuras: Beatbuddy, Papo & Yo, FEZ, Psychonauts, Zeno Clash 1 y 2
Metroidvania: Guacamelee!, Aquaria, Dust, UnEpic
Acción/sigilo: Mark of the Ninja
Acción en general: Deathspank, Hotline Miami, Bastion
RPG: Legend of Grimrock, Torchlight 1 y 2
Roguelike: FTL, Sword of the Stars: The Pitt
Aventuras gráficas: la saga Blackwell, Cognition: An Erica Reed Thriller, Heroine's Quest, Gemini Rue, Resonance, Machinarium, Botanicula
Videoaventuras: Kentucky Route Zero, To the Moon, Gone Home
Supervivencia y/o sandbox: Terraria, Don't Starve, State of Decay
Y eso seleccionando un poco por encima, aunque entiendo que muchos de ellos habría serias dudas sobre si considerarlos estrictamente indies.