primero, si la habitación es pequeña, reduce un pelo el nivel de volumen del sonido.
Dos, vigila los materiales subceptibles de vibrar y por tanto, de transmitir las ondas de baja frecuencia de un subwoofer.
Mi ejemplo propio y sufrido: En la mesa (una tocha bien echa de madera) tengo la torre del PC a la derecha,la mesa esta en perpendicular a la Xbox/5.1, el subwoofer a veces hace "ruido" raro, los graves suenan mal, etc, etc, etc... por que? pues despues de unos dias observando, me di cuenta, el PC no calzaba la mesa lo suficiente, y generaba vibración y por tanto ruido.
Aparte de eso, el tema de dolor de cabeza/oido puede ser debido a que tengas el subwoofer orientado hacia una pared y esta este cerca del mismo. Es decir, q genere un sonido de forma refleja, y a ti te jode la oreja.
Posicionar mal un subwoofer y los satelites acompañantes pueden joder los oidos de mala manera. Si parece q un lado suena más qu eel otro, es por que estan descompensados.
Por lo demás, pasate por el médico, a ver si a parte de todas estas tonterías, vas a tener algo más que no imaginas. Como una simple infección auditiva.
Salu2