Pues no sabria decirte, mas que transparencias parece tener problemas poligonales, pueden ser o bien del emulador en si con dichos juegos, o del emulador con la gráfica que tengas (no sería la primera vez que un emulador se ve bien con unas graficas de una compañia y mal en las de otra, recuerdo hace tiempo que algo así ocurrió tanto en PCSX2 como Dolphin con las Nvidia y ATI)