Lo únco malo en Linux es el propio usuario, y de esto se aprovechan los conocidos "exploits" q son programas q se aprovechan de errores de configuración o bugs de programas para hacerse con el equipo. Por eso es bueno ir visitando webs de seguridad y parchear o actualizar el sistema de tanto en tanto.
Por otro lado, si tuvieras q meter un Linux como servidor para internet del q dependieran máquinas con windows si q deberias meter un antivirus, como el panda, f-prot o similares.