Empieza por el Metal Gear Solid (PSX) de la Store.
Portable Ops y Peace Walker va después de MGS3, que este va antes de los dos Metal Gear originales de la MSX y Metal Gear Solid. Y creo que es necesario jugar antes a MGS3 que a los dos de PSP para conocer el comienzo de la grandeza del personaje.
La cronología sería algo así:
Metal Gear Solid 3 (PS2) -> Portable Ops (PSP) -> Peace Walker (PSP) -> Metal Gear (MSX) -> Metal Gear 2: Solid Snake (MSX) -> Metal Gear Solid (PSX) > Metal Gear Solid 2 (PS2) -> Metal Gear Solid 4 (PS3).
Aunque es mejor jugarlo en orden de lanzamiento, primeros los de la MSX (aunque no pasa nada si no los juegas, te enterarás de lo que ocurre con el MGS), luego el de PSX, los dos de PS2, MGS4 y al final los de PSP (el Portable Ops salió antes que el MGS4 pero no importa).
Se rumorea que pueden sacar MGS2 y MGS3 para PS3 en una reedición con lo que probablemente necesites una PS3 para completar la historia de la saga (MGS, MGS2, MGS3 y MGS4).