Hay flashcarts de DS modificadas que ya funcionan en 3DS, al parecer Nintendo en este aspecto no ha modificado/mejorado la seguridad (total, para qué...) ya que se limita a un emulador de DS con una whitelist de juegos permitidos, simplemente se cambia el ID del flashcart por uno de esa lista y ya. Sobre lo de petar a través de un juego, pues al parecer los juegos no tienen acceso al SO porque juegos tienen su CPU (núcleo) y RAM propias sin permisos del sistema, y, aparte, de manera independiente, el SO con su CPU (el otro núcleo) y su RAM, por lo tanto puedes correr código (si es que acaso se consigue hacer antes mediante un juego claro) pero no escribir ni modificar el sistema ya que no es ''accesible'' por hardware ni el software tiene permiso o capacidad para hacerlo, ya que el SO está aislado del juego.
PD: Esto no quiere decir que no se pueda vulnerar la seguridad en un futuro, siento curiosidad cuando se corren juegos de DSiWare y 3DSWare, por el rollo de leer el juego desde la memoria flash de la consola, supongo que el juego lo leerá y lo pasará a la RAM de juego cuando este se ejecute y así no influya en la parte del SO.