el metal slug 3 tuvo un bootleg llamado metal slug 6, pero era eso, un hack
el metal slug 6 original salió en arcades en atomiswave y aunque es muy feo (esos fondos horribles cantan muchisimo con los sprites de toda la vida) el juego está bien y es bastante disfrutable
salió para ps2 (creo que solo en japón, corregidme si no es asi) y luego lo metieron en el "metal slug anthology" que salió en ps2, psp y wii, asi que para emular tienes cualquiera de estas versiones
para emular yo recomiendo jugar a la de wii mas que nada porque el dolphin es mucho mas amigable con el usuario y funciona mejor que el pcsx2
la de psp no la he probado nunca, supongo que rá bien
en consola real prefiero la versión individual de ps2 ya que no se limita a portar el arcade sino que añade extras, al igual que hacian los ports individuales anteriores, tambien decir que la versión occidental de wii es una autentica bazofia, no tiene soporte para el mando clásico y te obliga a jugar con el wiimote, teniendo que agitarlo para lanzar bombas, cargándose la jugabilidad, también era compatible con el mando de cube, pero este tiene una cruceta infame, pequeña y dura, que es de lo peor para jugar a cualquier cosa 2d
en japón lo arreglaron, porque la edición de alli, llamada metal slug complete, si que añadia soporte para el mando clásico y poder jugar en condiciones
EDITO: el juego existe en pc, mi consejo es que busques esta versión y no lo emules, a partir de esas generaciones si el juego está en pc mejor jugar su versión nativa que emularlo