¿Qué nube me recomendáis?

Yo uso Google Drive para archivos y OneDrive para todas mis fotos. La verdad que nunca me han dado esos problemas que comentas que tienes...

Podrías probar Box, que también tiene espacio, es gratuito y para mi, tampoco me ha dado ningún problema.

Edito:
Lo único malo de Box es que tiene un límite de 10Gb de transferencia al mes.

Bufff a mí MEGA también me dio problemas con las sincronizaciones, es un desastre. Como hosting de archivos está bien, pero lo que es la sincro... terrible.

Yo he usado otras dos para esta tarea: Dropbox y Owncloud. Más o menos ambas funcionan parecido, me gustan los dos, pero me quedaría con Owncloud. No sólo porque Owncloud no es tanto un servicio como una herramienta, es decir, es como un programa servidor y cliente que te permite crear tu propia nube funcionando luego como Dropbox y similares, la puedes alojar en tu casa o en algún server comprado (alquilado).

También hay páginas que ofrecen espacio gratuíto para Owncloud, aunque no mucho pero si son documentos y cosas pequeñas llega. Por ejemplo, Openmailbox.org ofrece 1GB de Owncloud, además de otro GB para correo electrónico.

Sobre archivos duplicados, alguna que otra vez al hacer sincros entre varios equipos se llegan a duplicar, pero no suele ocurrir, no trollea tanto como MEGA (recuerdo que MEGA más de una vez me borró cosas, y de hecho Dropbox una vez también, por suerte estaban en su papelera... y algo que no me gusta de Dropbox es que se tira mucho tiempo sincronizando al arrancar el programa, por lo que si lo tienes autoejecutado al arrancar el sistema, ralentiza bastante el arranque).

Como nubes he usado Google Drive, Dropbox y OneDrive, respectivamente. De las tres me quedo con OneDrive por los siguientes motivos:
- Si trabajas con archivos de Office nativos en el ordenador luego los puedes editar en otros equipos entrando desde el navegador. Google Drive solo permite la edición de archivos creados en Google Docs, aunque creo que Dropbox hace relativamente poco agregó esa funcionalidad también, con el propio Office On-line directamente.
- El backup de fotos de Google no las pasa a una carpeta como Dropbox y OneDrive, si no que las deja para verlas vía página web, pero no tienes tus archivos en una carpeta directamente.
- El rendimiento del sistema con OneDrive y con Dropbox es muy diferente. Dropbox es mucho más rápido aunque las velocidades de OneDrive son también decentes. Por otro lado con OneDrive el arranque del equipo es más rápido que con Dropbox, ese momento en el que sale el puntero y termina de arrancar los programas de inicio no se da por finalizado hasta que Dropbox no ha acabado de actualizar los archivos, con OneDrive ese proceso empieza cuando todos los programas están cargados, por lo que el equipo acaba de arrancar antes.