En 12.04 unity esta mas mucho mas depurado y tienes Unity 2D que es semejante pero sin aceleración 3D (y por lo tanto mucho mas liviano), también podrás elegir fácilmente gnome-shell.
Los programas aunque sean obsoletos mantendrán su configuración y en el caso de que sea necesario por nuevas versiones el programador debería haberse encargador de revisar y actualizar las partidas.
Las LTS están normalmente tambien mas preparadas para estos cambios.
Asi que estate tranquilo, eso si, openoffice sera cambiado posiblemente por libreoffice, tal vez se desinstale gimp o algún programa que haya sido sustituido de las instalaciones en serie y lo que tienes que revisar es que no tengas ninguna incompatibilidad o necesidad muy especial, cosa tan simple como antes de actualizar probar un live y ver si tienes en los repos todo lo que necesitas. Ademas, tal vez algún programa tarde alguna semana en estar actualizado a la nueva versión.