La cosa va así, si quieres seguir la línea argumental de los Metroid:
Metroid Zero Mission (GBA) -> Metroid 2: Return of Samus (GameBoy) -> Super Metroid (3) (SuperNintendo) -> Metroid Fusion (Metroid 4)
Pero lo que te han dicho, no es excesivamente importante el orden en el que te los pases, aunque creo recordar que en Fusion se rememoran algunos hechos ocurridos durante Super Metroid. Como recomendación, no dejes pasar el de SuperNintendo, igual o mas bueno que los de GBA.