Son procesadores que funcionan bastante calientes por diseño, aunque la eficiencia es bastante buena. Las temperaturas de stock me parecen adecuadas, no es que falte disipador ni flujo de aire en la caja.
A mí también me gusta más el segundo perfil en cualquier caso. De todas formas no te quedes solo con cinebench, te aconsejo que pruebes algún otro benchmark más.
La pasta térmica que viene con disipadores de gama media no suele ser la octava maravilla, pero vamos, tampoco creo que haya más de 1ºC arriba o abajo (como mucho) frente a la MX4. Yo ni me molestaría en cambiarla.
Aunque esto apenas afecta a la puntuación en Cinebench, revisa también que tengas la RAM en 1:1, por ejemplo mirando en la pestaña memory de CPU-Z que la frecuencia de RAM sea 3200 (6400/2) y la del uncore/fclk también. Muchas placas a 6400 ponen 1:2, es ligeramente penalizante en el rendimiento frente a 6000 1:1 con las mismas latencias (de hecho, comparado con 1:2 es mejor incluso 5200 en 1:1, pero los cambios en cualquier caso son pequeños)
Saludos