Y que diferencias hay a nivel de funcionalidad y entorno?
La diferencia principal es que YellowDog y Fedora están basados en Red Hat, mientras que Ubuntu está basado en Debian (por el tema de la gestión de paquetes, la instalación de programas, etc).
A mi me parece bastante importante que YellowDog tenga soporte oficial, y por ejemplo incluye soporte para el mando sixaxis y el Cell SDK v.3.0. Aunque es cierto que Ubuntu tiene una comunidad muy amplia detrás que va haciendo que las cosas funcionen (de todas formas, por lo que sé, el último Ubuntu Hardy Heron aún no se puede usar en la PS3).
Con respecto al escritorio (X-Windows) puedes instalar el que más te guste sea cual sea la distribución que elijas. YDL trae los entornos gráficos E17, Gnome y KDE, pero ninguno de ellos va demasiado "fino", así que la gente suele instalar XFCE que es un escritorio mucho más ligero (
http://www.xfce.org/)
Espero haberte sido de ayuda.