Mientras no sea un IOS crítico y esencial para el Sistema, puedes borrarlo y reinstalarlo sin problemas.
Por ejemplo, si borras el IOS 60 y tienes firmware 4.0 o 4.1, te ganarías un Brick, pues es el IOS que usa el System Menu. Pero si borraras por ejemplo el IOS 37 quizá ciertos juegos (originales) no te funcionarían hasta reinstalarlo, pero nada más.
Para reinstalar un IOS y/o actualizarlo hay varias formas, actualizando con un juego que tenga dicho IOS o actualizando por Internet (En cualquiera de estos 2 casos también te actualizaría el sistema si tienes un firmware anterior al del disco o al último por Internet). La forma más práctica es descargar el IOS con NUS e instalarlo con WAD Manager.
Ahora, te repito lo que ya te había mencionado antes. Cuando cargas un juego desde HD no existen otros IOS más que el cIOS que usas para lanzarlo, o sea 249, 222 o 223. Por lo que si sólo te sucede con la carga por HD o usando algún loader que use cIOS de poco sirve actualizar IOS o reinstalarlos.
Quiza no me creas lo que te digo, pero ya vendrá más gente a corroborarlo.