No tendrás problema alguno siempre que las tarjetas sean para usarlas con la misma cuenta. Solo tendrás que poner la nueva memoria y la Vita la enlazará a la cuenta que tengas activa en ese momento.
Por ejemplo, yo tengo una de 4 GB que me vino con la consola y una de 16 GB que me compré a parte, como las dos están enlazadas a la misma cuenta puedo cambiarlas cuando quiera y usar sus contenidos. Ten en cuenta que si quieres pasar los datos de una a otra deberás hacerlo con el gestor de contenido del PC, aunque es muy sencillo.
Espero haberte ayudado con mi respuesta.
