No me queda muy claro lo que preguntas, así que te doy las dos posibles respuestas razonadas:
Si estás creando el DATA.DXAR, no pasa nada. Puedes parar, no sucederá más que no se te creará el fichero. De todas formas, recuerda que el proceso puede tardar más o menos dependiendo de la memory stick que tengas.
En cambio si estás flasheando el DATA.DXAR, brickearías la PSP. Recuerda que lo primero que hace el flasher es formatear la flash0, así que en este caso no toques nada.