No estoy muy seguro, pero si no te importa investigar un poco me suena haber leido que el mencoder tiene una opción para reparar cabeceras de archivos de video, lo cual permitía unir archivos a lo bruto (en plan cat 1.avi 2.avi 3.avi > o.avi) y luego arreglarlo con eso para que quede correcto.