Para dejar la SD limpia lo mejor que puedes hacer es copiar todo al PC para guardar un backup y despues borrar todo de la SD salvo la carpeta Nintendo y empezar de cero como si nunca hubieras tenido nada en esa SD y ya aprovechas y te pones Atmosphere (se puede hacer que el dongle de SX arranque con Atmosphere).
La única carpeta que deberías dejar en la SD es la carpeta Nintendo, esa es la única que crea oficialmente NIntendo con los juegos instalados digitalmente que tengas en la SD, todo lo demás de la SD proviene de una forma u otra de CFW o Homebrew.
Lo de guardarte lo que tenía lo digo como medida de precaución. Si te equivocas al montar de nuevo todo en algo y no consigues que te arranque la consola siempre puedes volver a borrarlo todo y poner de nuevo en la SD el backup de lo que tenías antes.