NTFS es de Microsoft y yo al menos no he escuchado de un NAS "Windows"
Pongas lo que pongas va a estar basado casi seguro en linux, deberías tener en cuenta eso.
Sobre problemas con NTFS, el rendimiento es algo menor que un formato propio de linux, recomendación ya sabes que recomendación te daría, cada S.O. con su formato es lo ideal. Y que linux NO monta particiones NTFS si estas tienen tareas pendientes. (unidades mal apagadas por Windows, o que Windows tenga el inicio rapido activo lo cual deja tareas pendiente en los discos)