vga no soporta entrelazado, solo progresivo, por lo que imagino que tendrás que poner 480p en el menú de la consola, lo cual está muy bien para los juegos propios de cube y wii, y muy mal para emular porque pierdes la resolución nativa
de todas formas solo recomiendo conectarla por vga si el monitor es crt, donde podrás ver los 480p con sus scanlines reales y una calidad tremenda de imagen, si por el contrario es un tft mejor no te molestes