Sastamente tienes que hechar muy poco, lo justo para que al ponerle el disipador encima esta se expanda y como mas, si le hechas tanta como para que si le pones el disipa la pasta te cubra todo el micro consigues el efecto cotrario, que disipe peor.
En resumidas cuentas la pasta se pone para que el contacto con las partes que van a disipar sea mejor, pero hay que intentar que solo se tenga pasta ahí, si se hecha mucha al poner el disipador encima esta se irá hacia los bordes haciendo como un colchon la los lados de donde se debe disipar que hará justo el efecto contrario, usease que guardará el calor.
Las zonas a disipar en la gpu son 2, en el centro del todo como en todo micro y otro rectangulo que hay en uno de los lados
EDITO: Como miniresumen2 para el que no lo tenga claro que se fije en cuanta pasta térmica tiene de sere la consola y que heche una cantaidad como para que quede mas o menos igual, y acordaros de eliminar bien la anterior con alcohol o lo que sea